北港朝天宮是台灣媽祖信仰的重鎮,尤其是日本統治台灣以後,因為有各項統計數據,更可以顯現其不僅為媽祖信仰的總本山,北港媽祖信仰也超越其他民間信仰。昭和16年(1941年)台灣總督府曾委託台北帝國大學文政學部講師宮本延人從事全面性寺廟調查,其調查報告曾列出全台各項民間信仰神祗人數最多廟宇之參拜人數,分別為：台北大稻埕霞海城隍廟25萬人、台北萬華青山宮5萬人、台北木柵指南宮20萬人、北港朝天宮150萬人、東港東隆宮5萬人。可見北港朝天宮信仰人口佔全台民間信仰人口總數約四分，而台灣總督府亦特別重視之，可算是日治時期日本官方認定之台灣代表性寺廟。
明治38年(1905年)4月,嘉義地方發生大地震,北港街災情慘重,朝天宮亦有損傷,當時北港區長與地方士紳發起重建,並於明治40年(1907年)2月、明治43年(1910年)12月先後得到嘉義廳北港支廳廳長安武昌夫、野田寬大之支持，向全台各地展開勸募,此次重建總工程費共15萬元,向外募得7萬9千餘元,捐款者遍及全台,部份捐贈者姓名刻在朝天宮四週的石牆上,現今大家所見朝天宮樣貌,即是此次重修的結果。
清水朝天宮，係由北港朝天宮分靈而來，清康熙年間(依北港朝天宮官網記載於清康熙39年[西元1700年]建廟)，北港朝天宮建廟，仕紳 蕭希旦 先生資助建廟，於廟成後，廟方回贈天上二聖母及三聖母金身迎回嘉古地奉祀，為北港媽祖來台後第一次分靈，也是本庄敬奉聖母之始，迄今已有300年之歷史。
話說日據時代早期，醫學並不發達，偏闢鄉村更是遇身體病痛，只能求助於天地神祉信仰。這是時代背景不同，無可奈何的環境，但信仰過程中，一些不可思議的神蹟，更加深了子民的信任。南臺灣大岡山地區當時瘟疫盛行，傷亡慘重，為求驅除瘟疫，挽救村民生命。合力至北港朝天宮恭請媽祖移駕大岡山驅魔降妖，廟方基於上天有好生之德，人命關天，同意媽祖出廟坐鎮大岡山，解救當地瘟疫之苦。（有關當地媽祖顯靈救難故事，另文說明）事後朝天宮要求媽祖返鄉歸祀，當地民眾有感媽祖救苦救難之德澤，不擇手段要留下媽祖娘娘，謊稱媽祖原尊因民眾爭相奉請膜拜中遺失，硬將媽祖留下，朝天宮方迫於無奈，沒再追查媽祖下落，至此朝天宮媽祖開始流落在外，也讓媽祖有機會給更多的黎民百姓德澤。
豐穀宮「天上聖母」，在老一輩庄民的口中稱為「北港三媽」，其來源據說為民國初年左營地區適逢疫病肆虐，庄民求助於境主玄天上帝，境主則指示近日之內自有貴人前來相助，未經數日果真傳來北港朝天宮天上聖母南巡高雄州的消息；庄民得知此消息後，連忙前往迎接並祈求朝天宮聖母鑾駕前來繞境左營庄，以消弭疫病，蒙聖母憐憫，轉而繞境左營庄，並在左營庄略做停歇，此時朝天宮天上三聖母(北港三媽)忽然降駕指示︰願留於左營庄濟世萬民。庄民欣喜之餘，為感念聖母恩澤，祈求朝天宮廟方希望能留下北港三媽金身供眾信徒朝拜，廟方雖有感於眾信徒之虔誠，但奈何當時出巡者為正尊之金身而無法留下，因此只留下當時隨行之天上聖母令供信徒朝拜 (據說當今的豐穀宮現址即當年用來供奉天上聖母令的神壇所在地)；於是在聖母神威顯赫之下，疫病逐漸消弭，此後聖母更屢顯神威、濟世萬民，深獲庄民擁戴，日後更被奉為左營庄三大主神之一，並於民國三○年代興建左營豐穀宮時，另塑木雕之金身，與神農大帝合祀於豐穀宮。
